超聲波細胞破碎機安裝好后，通入一定量的氮氣保壓30分鐘，檢查有無泄漏，如發現有泄漏請用肥皂沫查找管路、管口泄漏點，找出后放掉氣體擰緊，再次通入氮氣保壓試驗，確保無泄漏后開始正常工作。

    當降溫冷卻時，可用水經冷卻盤管進行內冷卻，禁止速冷，以防過大的溫差應力，造成冷卻盤管、釜體產生裂紋。工作時當釜內溫度超過100℃時，磁力攪拌器與釜蓋間的水套應通冷卻水，保證水溫小于35℃，以免磁鋼退磁。

    對于超過爆破片標定爆破壓力而未爆破的應更換，經常使用不超過爆破片的下限壓力的80%，更換時應注意爆破片凸面向上。

    反應完畢后，行冷卻降溫，再將釜內的氣體通過管路泄放到室外，使釜內壓力降至常壓，嚴禁帶壓拆卸，再將主螺栓、螺母對稱地松開卸下，然后小心的取下釜蓋(或升起釜蓋)置于支架上，卸蓋過程中應特別注意保護密封面。

    釜內的清冼：每次操作完畢用清洗液(使用清洗液應注意避免對主體材料產生腐蝕)清除釜體及密封面的殘留物，應經常清洗并保持干凈，不允許用硬物質或表面粗糙的物品進行清洗。